Setelah tamat dari Cornell, Daniel bergabung dengan harian Kompas, di mana ia menjadi Kepala Penelitian dan Pengembangan (Litbang) antara 1995 hingga 2005.
Daniel Dhakidae aktif di beberapa organisasi nonprofit seperti Yayasan Tifa dan Yayasan The Conversation Indonesia.
Daniel Dhakidae meninggal dunia akibat serangan jantung pada pagi hari tanggal 6 April 2021 di RS MMC Kuningan, Jakarta Selatan.***