Pandjaitan kemudian turun ke lantai 1 yang dikuasai oleh para tentara dengan langkah perlahan. Pasukan tentara yang mengepung rumah Pandjaitan disebut berasal dari satuan Cakrabirawa, pasukan khusus pengawal Presiden Soekarno.
Saat sudah berada di hadapan para tentara, Pandjaitan diminta untuk segera naik ke truk yang akan mengantarkannya ke Istana.
Mereka mengatakan bahwa Jenderal berbintang satu itu dipanggil oleh Presiden Soekarno karena kondisi darurat.
Sebelum itu Pandjaitan menyempatkan diri untuk berdoa yang menyebabkan para tentara semakin marah.
Seorang tentara memukulkan popor sentaja, tapi oleh Pandjaitan ditepis sebelum menghantam wajahnya. Tentara yang lain marah.
Asisten IV Menteri/Panglima Angkatan Darat itu ditembak. DI Pandjaitan pun tewas.
Jenazah Pandjaitan kemudian dimasukkan dalam truk dan dibawa pergi. Darah dari pria kelahiran Balige, Sumatera Utara itu berceceran di teras rumah.
Penembakan itu disaksikan oleh putri sulungnya, Catherine. Setelah gerombolan tentara pergi, ia mendatangi tempat ayahnya ditembak.