Tidak hanya menjadi pengusaha sukses, Arifin Panigoro juga merupakan tokoh politisi, menjadi salah satu Anggota Dewan Pertimbangan Presiden 2019-2024.
Ia juga dikenal menjadi tokoh pergerakan dan sosok yang dekat dengan lingkungan mahasiswa, terutama saat pemerintahan Seoharto dimana aksi panas mahasisiwa terjadi meminta Seoharto untuk lengser.
Aflrifin diduga gagalkan Sidang Umum MPR yang berencana untuk memilih melantik Soeharto jadi presiden ketujuh kalinya di tahun 1998 silam.
Saat itu Arifin dikabarkan melakukan rapat pertemuan dengan beberapa tokoh politik Indonesia di Hotel Radison, Yogyakarta.
Arifin Panigoro tidak menginginkan adanya sentimen anti Tionghoa ataupun juga terjadi perselisihan antara Muslim dan non-Muslim semakin berlanjut di Indonesia.
Kemudian setelah lengsernya Soeharto, Arifin mencalonkan diri menjadi anggota DPR daerah Kabupaten Tanggerang di tahun 1999 setelah dirinya bergabung partai politik PDIP.
Arifin mengundurkan diri dari manajemen Medco pada tahun 1998, untuk fokuskan karir di bidang politik, tetapi tetap menjadi penasihat perusahaan Medco.
Kemudian Medco diambil alih oleh adiknya, Hilmi Panigoro hingga sekarang yang berhasil perluas ekspansi produksi di Meksiko, Oman, Libya, Tanzania, Yaman, Thailand, juga Vietnam.